На таких машинах в ПАТе были АКПП?

На каких именно? Вроде были, надо посмотреть свою таблицу...

Во втором парке 2303(2374) вроде автомат с катерпиллером была.

На 2303 у меня записан джойстик, переделанный в нормальную МКПП.

Возможно, на 0792 была АКПП в комплекте с двигателем ЯМЗ. Массово точно не было АКПП.

Если судить по КАПу, то партия 1999 года была с обычной механикой (синяя окраска), партии после 2000 года шла с джойстиками. И поголовно с камазовским движком. Было одно исключение- движок катер и просто механическая коробка. Это же вообще пригородная модификация, здесь априори не может быть автомата (если сильно не захочет заказчик, а это вряд ли, учитывая, что в 2002 году половина городских автобусов шла с кочергой). Лишь потом, перед самым списанием, на 7696 поставили АКПП, но отъездила она так буквально пару месяцев и в утиль.

5243,5244, из последних в Петергофе.

5243 и 5244 из одной партии, они не могли отличаться! Так что кто-то из них был переделан, вопрос - кто? В Зеленогорске они какими были?