Это внутримуниципальный маршрут ГО Богданович. Он физически не может задевать соседний Белоярский ГО , тем более следуя до Кунары. Есть точное место съёмки?

Возле с. Тыгиш

В случае со 109 такого парадокса нет, он полностью по территории округа.
А примеров, подобных 99, в области немало. Но в случае 99, он ведь не делает остановок в черте БМО, просто проследует, т.к. границы округов нет имеют общего с дорогами.

Это не имеет значения. Когда мы пытались запустить маршрут до Белоярского водохранилища, как муниципальный, Минтранс нам отказал, поскольку часть автомобильной дороги общего пользования регионального значения "г. Берёзовский - п. Сарапулка - Белоярское водохранилище", по которой предполагался путь следования маршрута проходит по территории муниципального округа Заречный.

Так что маршрут № 99 никаким образом не может быть ни городским (выезжает за пределы населённого пункта), ни муниципальным (выезжает за пределы муниципалитета). Но, тем не менее, по документам он муниципальный городской.