С чем связана такая особенность нумерации маршрута?

Ну вроде как для того, чтобы отличать от маршрутов с нерегулируемым тарифом (читай маршрутки). У них номера маршрутов начинаются с буквы "т": т-1, т-2 и т.д.

Маршрутки всегда были с такими номерами, у автобусов буква "а" добавилась относительно недавно. Просто НПАТ в последнее время стал закупать ПАЗики и ставить на чисто автобусные маршруты. А на маршрутках сплошь ПАЗики. Вот чтобы льготные пассажиры не путались, к номерам автобусных маршрутов добавили букву "А".

Вроде так, если что, Антон меня поправит.:)

Да, всё так. Маршрутки/частники - т-№№, социалы а-№№. Вроде далеко не только в НН нечто подобное, так что ничего особенного, тут только если "э" от экспресса ещё добавляется в конце, но такой маршрут был один.

Было недавно 3 исключения в виде маршруток в НПАТе, перешедших от частников, которые ездили с "т", но включили все функции "а" по льготам и пересадкам, но недавно всё поправили, и они стали "а"

Всё так, кроме ещё одного но. Маршрутки, разыгранные в 2017 году, до февраля 2019 года работали без буквы "т" в номере маршрута. Думаю, это и повлияло на появление буквы "а" в номере