CL94UB бывает и двух-, и трёхдверной, а индекс при этом один и тот же?

Да. Этот индекс вообще к шасси относится. К примеру, у трехосного ОмниЛинка он точно такой же, как и у Волжанина-6270.

А есть ли в данном случае связь между индексом шасси и дизайном морды? Судя по представленнным здесь фото, у автобусов на CK95UB он отличается от дизайна тех, которые на CL94UB.

Олновременно с дизайном, и не только морды, но и попы, обновили и шасси. К примеру, вместо 6-цилиндрового двигателя Евро-3 на 95-х Сканиях стоит 5-цилиндровый Евро-4.